Penulis tidak diperkenankan menarik kembali (withdraw) naskah yang telah dikirimkan ke Jurnal Penelitian dan Inovasi Pendidikan, karena penarikan naskah setelah proses editorial dimulai merupakan pemborosan waktu, tenaga, dan sumber daya yang telah digunakan oleh editor, reviewer, dan penerbit dalam memproses naskah tersebut.
Apabila penulis mengajukan penarikan naskah saat naskah masih berada dalam proses peer review, penulis akan dikenakan biaya penarikan sebesar Rp500.000,- (Lima Ratus Ribu Rupiah) untuk setiap naskah sebagai kompensasi atas proses editorial dan penelaahan yang telah dilakukan. Selain itu, penarikan naskah dari satu jurnal karena telah diterima atau sedang dipertimbangkan untuk diterbitkan di jurnal lain merupakan tindakan yang tidak sesuai dengan etika publikasi ilmiah.
Apabila penulis mengajukan penarikan naskah setelah naskah dinyatakan diterima (accepted) untuk dipublikasikan, penulis akan dikenakan biaya penarikan sebesar Rp1.000.000,- (Satu Juta Rupiah) untuk setiap naskah. Permohonan penarikan hanya akan diproses setelah biaya penarikan dibayarkan sepenuhnya kepada penerbit. Apabila penulis tidak memenuhi ketentuan tersebut, penulis beserta institusi afiliasinya dapat dimasukkan ke dalam daftar hitam (blacklist) untuk pengajuan naskah pada masa mendatang. Selain itu, artikel yang sebelumnya telah dipublikasikan oleh penulis dalam jurnal ini dapat dihapus dari sistem publikasi daring jurnal.